परियोजना अन्तर्गतको जोन/सुपरजोन विकास कार्यक्रम सञ्चालनको लागि परियोजना कार्यान्वयन इकाई रहनेछ। परियोजना कार्यान्वयन इकाईको भूमिका देहाय बमोजिम हुनेछ:-

(क)   जोन/सुपरजोन विकासका लागि तय भएका नीति तथा कार्यक्रमहरुको कार्यान्वयन गर्ने।

(ख)   परियोजना कार्यान्वयनका लागि कृषि सहकारी, समुह र कृषि उद्यमीहरुको  अभिमूखीकरण तथा क्षमता विकास गर्ने।

(ग)   सम्बन्धित बालीको अनुसन्धान तथा विकास केन्द्रका रुपमा कार्य गर्ने तथा बाली विशेषको पकेट, ब्लक, जोन र सुपरजोनसँगको अनुसन्धान प्रसार सेवा र कृषि शिक्षाको सम्बन्ध (Linkages)  र पहुँच (Access) स्थापना गर्ने।

(घ)   बजेट तथा कार्यक्रम तर्जुमा र कार्यान्वयनसँग सम्बन्धित निकायहरुबीच कार्यमूलक समन्वयको व्यवस्था मिलाउने।

(ङ)   जिल्ला स्थित कृषि/पशु सेवा क्षेत्र हेर्ने कार्यालयसँगको समन्वयमा वार्षिक बजेट तथा कार्यक्रम तर्जुमा गर्ने।

(च)   जोन/सुपरजोनमा भएका विद्यमान प्रविधि र पूर्वाधारहरुको अभिलेख तयार गर्ने।

(छ)   जोन/सुपरजोन अन्तर्गतका कृषक समुह, कानुन बमोजिम दर्ता भएका कृषि उद्यमी तथा कृषि सहकारीहरुको विवरण अद्यावधिक गर्ने।

(ज)   परियोजनको लक्ष्य र उद्देश्य हासिल गर्न सहयोगी कार्यक्रम सञ्‍चालन गर्ने।

(झ)   जोन/सुपरजोन अन्तर्गत समूहिक खेती, सहकारी खेती, करार खेती र चक्लावन्दी खेती प्रवर्द्धन गर्ने नीतिलाई कार्यान्वयन गर्ने।

(ञ)   जोन/सुपरजोन अन्तर्गत कृषि पूर्वाधारहरुको विकास गर्ने।

(ट)   परियोजनाका सरोकारवालाहरु (स्थानीय तह, प्रदेश सरकार मातहतका निकाय, अनुसन्धान र कृषि फार्म केन्द्र) सँग समन्वय र सहकार्य गर्ने।

(ठ)   परियोजनाको प्रगति नियमितरुपमा परियोजना व्यवस्थापन इकाईमा प्रतिवेदन गर्ने।

(ड)   परियोजनाबाट तोकिएका परियोजना कार्यान्वयन इकाईले प्रदेश स्तरमा समन्वय र रिपोर्टिङको समेत कार्य गर्ने।

(ढ)   सञ्चालित जोन र सुपर जोनको प्रोफाईल तयार गर्ने।

(ण)   जिल्लामा सञ्चालित पकेट,  ब्लक,  जोन र सुपरजोन विकास कार्यक्रमको लागि परियोजनाको समन्वय इकाईको रुपमा कार्य गर्ने।